2013년 국고보조금은 34.1조원으로 10년 동안 22조원이 성장하였으나, 보조사업에 대한 국고보조금 대 지방비 비율은 2004년 68：32에서 2013년 60：40으로 지방비 부담률이 증가하는 모습을 보이고 있다. 경제위기 등의 영향으로 지방재정 여건이 점차 열악해지고 있는 자치단체는 국고보조사업과 매칭된 지방비 부담으로 인해 가용재원이 감소하여 지방재정의 경직성을 초래하는 원인으로 작용하고 있는 실정이다. 국고보조금은 중앙정부가 특정목적을 달성하기 위해 용도를 지정하여 교부하는 재원으로 재정형평화를 목적으로 일반예산으로 사용되는 지방교부세와는 태생적으로 목적에 차이를 두고 있다. 국고보조금은 2009년을 기점으로 지방교부세의 규모를 넘어서고 있으며, 사실상 국고보조금의 초기 목적은 사라지고 자치단체에 대한 재정통제 기능이 강화되는 면모를 보이고 있다.
중앙정부의 이전재원에 대한 재정형평화 기능이 강조되면서 지방교부세와 국고보조금이 배분된 이후 자치단체간 재정력이 역전되는 현상이 발생하고 있다. 경기도는 국세 징수규모(6위)나 자체세입(3위)이 전국에서 상위권에 속하지만, 이전재원 배분 후에는 1인당 세출예산액이 전국에서 하위권(13위)으로 하락한다. 또한 국고보조사업의 결정과정과 중앙-지방간 재원분담 기준은 논리성이 결여되어 있어, 국고보조사업의 확보를 정치과정의 결과물처럼 인식하는 경우가 부지기수이다. 중앙부처는 국고보조사업의 수와 규모를 조직유지를 위한 수단으로 인식하고 있으며, 자치단체는 지방사업에 해당하는 경우도 국고보조사업으로 신청하는 경우가 발생하고 있다. 이로 인해 부처간, 그리고 동일 자치단체에서도 유사/중복된 보조사업이 시행되고 있어, 재원낭비가 극심하게 이루어지고 있다.
기형적 형태로 증가하고 있는 국고보조사업을 효율적으로 관리하고 축소하기 위해서는 국고보조사업의 성격과 파급효과를 고려하여 업무를 지방으로 이양하고 지방의 자체재원으로 충당할 수 있도록 국세의 지방세 이양과 지방교부세 확대가 요구된다. 현 국고보조사업은 지방사무임에도 국가에서 재원보조를 하거나, 국가사무임에도 지방비 부담이 발생하고 있어, 중앙-지방간 사무조정과 재원분담이 명확히 이루어지지 않고 있다. 또한 ‘국고보조사업 운용평가’에 성과관리 체제를 도입하여 사업의 목표와 성과에 대한 분석과 관리가 이루어질 수 있도록 해야 할 것이다.