신분당선 요금체계는 수도권 통합요금제도 형태이나 1,2단계 구간별 별도 민자운임 900원을 지불하는 구조로 서울까지 분당선과 비교시 1,200원, 광역버스와 비교시 450원이 높아 이용객들의 요금인하 요구가 지속되고 있다.
신분당선 사업은 수익성 민자사업(BTO)으로 원가회수를 위해 높은 요금이 부가되고 있으나 국토교통부는 도로 혼잡이 없으며 다른 철도에 비해 빠른 속도로 이용요금이 비싼 것은 어느 정도 당연하다는 입장이다.
그러나 이용자 입장은 다르다. 실제로 신분당선 이용자 설문조사 결과에 의하면, 이용자의 81.9%가 신분당선의 서비스에 비해 요금이 비싸다고 생각하고 있다. 신분당선의 신속성과 정시성 등을 감안할 때 이용자들이 생각하는 적정요금 수준은 평균 2,255원 수준으로 나타나 현재 보다 21%정도 낮다. 신분당선 요금 인하를 위해서는 재정지원이 필요한데 이에 대해서는 78.1%가 찬성하는 것으로 조사되었다. 그러나 재원마련을 위한 추가적인 세금 부담에 대해서는 절반 가까이 반대하는 것으로 나타났다.
신분당선의 요금문제 해결을 위해서는 재정이나 민자사업의 차별 없는 요금정책이 실시되어야 한다. 차별 없는 요금정책을 시행하기 위해서는 부정적인 민자사업에 대한 인식전환도 필요하다. 그 동안 ‘민자사업=특혜사업’이란 부정적인 여론으로 정부는 민자사업에 대해 적극적인 지원을 하지 못했다. 공공 철도요금으로는 철도 운영비용도 충당하지 못하는 시장구조 속에서 민자 철도 사업을 추진한다는 것은 모든 부담을 사업자와 이용자에게 전가하는 것이다. 더욱이 수도권 대중교통 환승할인 요금제도 내에서는 요금손실에 대한 재정지원 없는 민자사업은 신분당선처럼 높은 요금이 책정될 수밖에 없다.
신분당선 요금인하 방안으로는 재정인수, Shadow Toll, 사업재구조화 등이 있다. 재정인수는 천문학적인 재원이 소요되며, Shadow Toll은 지속적인 재원이 필요하다. 따라서 현실적인 대안은 이용자 중심의 사업재구조화 방안이다. 향후 신분당선은 1·2단계를 포함하여 추가로 4개 구간의 민자사업이 추진될 예정으로 최대 총 6개 민간사업자가 연관될 것이다. 따라서 근본적인 해결책은 6개 구간의 선로 사용권은 재정에서 갖고 구간별 운영만 민자추진하는 상하분리형 민자사업으로 전환하는 것이다. 이용자의 요금으로 운영비용 정도만 충당하는 구조로 되어야 요금문제와 민간사업자 수익성 문제를 동시에 해결 할 수 있다.